Il Compartimento Marittimo di Taranto, istituito con Regio Decreto  n. 2438 del 20 luglio 1865, si estende dalla località di Punta Prosciutto, nel Comune di Manduria (TA), al Comune di Nova Siri, in provincia di Matera, per un totale di 181 km di litorale di giurisdizione, nel cui ambito ricadono 17 comuni costieri.

Quale elemento dell'organizzazione periferica del Corpo delle Capitanerie di Porto -Guardia Costiera, la Capitaneria di porto di Taranto svolge istituzionalmente compiti e funzioni amministrative collegate alla fruizione del bene mare, con particolare riguardo alla tutela dell'ambiente marino ed al sicuro e legale sfruttamento delle sue risorse, unitamente alla salvaguardia della vita umana in mare. Per tale ragione, la variegata natura dei compiti svolti ricade nella competenza, oltre che dei Ministeri rispetto ai quali vi è una dipendenza funzionale diretta, quali il Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti ed il Ministero della Difesa, anche di altri Dicasteri collegati ai pubblici usi del mare quali il Ministero per le politiche agricole alimentari e forestali, il Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, il Ministero per i beni e le attività culturali, il Ministero dell'interno ed il Dipartimento della Protezione Civile.

Nell'espletamento di tali complesse e articolate attività la Capitaneria di Porto di Taranto collabora con gli Uffici Territoriali del Governo e le Autorità Giudiziarie di Taranto e Matera, operando in piena sinergia con tutte le pubbliche amministrazioni locali e le Forze di Polizia presenti sul territorio.

Alle dipendenze del Capo del Compartimento Marittimo operano 153 uomini e donne tra ufficiali, sottufficiali, marinai e impiegati civili, oltre al personale in forza agli Uffici Locali Marittimi di Maruggio e Policoro.

Presso la Capitaneria di Porto di Taranto sono dislocate le Motovedette per la navigazione d'altura CP 264 e CP 840, quest'ultima deputata principalmente all'attività di ricerca e soccorso in mare, nonché le motovedette CP 2103, CP 2073, CP 555, CP 520, quest'ultima attualmente dislocata presso la Capitaneria di porto di Gallipoli per esigenze della riserva di Porto Cesareo e n. 4 battelli veloci per la vigilanza costiera e la polizia marittima. A decorrere dal mese di giugno del corrente anno è stato assegnato a questa Capitaneria di porto anche un pattugliatore d'altura classe 400, la CP 402, con finalità di impiego prevalente per l'attività di ricerca e soccorso, oltre che per il contrasto ad ogni forma di pesca illegale. All'attualità tale unità trovasi dispiegata nel Canale di Sicilia per collaborare al dispositivo di intervento navale per il soccorso ai migranti.