La storia della città di Savona e quella del suo porto sono da sempre strettamente collegate; si può dire altrettanto per la vicina Vado Ligure, il cui approdo, da tempo, forma un unico sistema portuale insieme con il capoluogo di provincia.

Le prime notizie della città di Savo compaiono nell'opera di Tito Livio e risalgono alla seconda guerra punica, quando la flotta cartaginese fa base proprio a Savona per compiere un attacco distruttivo su Genova, alleata dei Romani e già allora rivale "storica" dei savonesi. Ancora più importante, in epoca romana, il municipio di Vada Sabatia, l'odierna Vado Ligure.

Nel medioevo, il Comune di Savona si sviluppa rapidamente a partire dall'XI secolo e rivaleggia ancora una volta, in potenza marittima e commerciale, con Genova, che le opporrà proprio le alleanze con le vicine Vado e Noli. Negli statuti medievali della città compare la figura dei Sabarbarii, tre magistrati che rimanevano in carica sei mesi e reggevano le sorti del porto. Viene citato anche un Officium mercancie et navigandi, che probabilmente giudicava in merito alle controversie legate alla navigazione, come gli analoghi uffici genovesi.

Durante le guerre d'Italia, all'inizio del Cinquecento, sarà fatale a Savona l'alleanza con il re di Francia, Francesco I; subito dopo la sconfitta di quest'ultimo a Pavia, nel 1525, i genovesi, alleati dell'Imperatore e re di Spagna Carlo V, conquistano la città, di cui distruggono la parte più vicina al mare, ne interrano il porto e costruiscono la fortezza del Priamar, che per quasi trecento anni rappresenterà il simbolo del dominio genovese.

La situazione si modificherà con la Rivoluzione francese e le guerre napoleoniche. Dapprima Savona, unita all'Impero francese, risorgerà come centro vitale della provincia di Montenotte, guidata dal valente conte Chabrol de Volvic, prefetto di Napoleone. Poi, con il congresso di Vienna e l'annessione della Liguria al Regno di Sardegna, la città e il suo porto risorgeranno quale naturale sbocco marittimo di Torino e del Piemonte. Nell'ottocento la città divenne un importante centro industriale e il porto ne sarà un'infrastruttura determinante; dell'inizio del '900 è la realizzazione della funivia Savona-S.Giuseppe di Cairo, per il trasporto del carbone direttamente dal porto alla Val Bormida, oltre l'appennino. Sarà, per lungo tempo, la più lunga funivia d'Europa.

A seguito della nascita del Corpo delle Capitanerie di Porto, Savona viene dotata nel 1879 di un ufficio compartimentale, composto da un capitano di porto, due ufficiali di prima classe e un nocchiero. Un importante episodio legato alla storia cittadina avvenne l'otto settembre 1943, al momento dell'armistizio. L'allora comandante della Capitaneria, il Tenente Colonnello di Porto Enrico Roni, con abilità e coraggio riuscì a prevenire l'intervento delle truppe tedesche già presenti in città e a dare piena applicazione alle clausole dell'armistizio: le navi che potevano raggiungere l'Italia meridionale, già liberata, salparono dal porto, le altre furono autoaffondate in banchina dai propri equipaggi, con grave danno per il successivo impiego dell'approdo da parte dell'occupante germanico.

Nel secondo dopoguerra il porto di Savona si è ingrandito, prima con la darsena nuova, poi con la zona alti fondali, differenziando sempre più i propri traffici e diventando di recente un polo crocieristico di grande importanza; a Vado, dopo la scomparsa delle officine di demolizione navale che per lungo tempo lo avevano caratterizzato, sono stati creati importanti terminal per container e frutta e da tempo fanno scalo i servizi di traghetto per la Corsica.