Capitaneria isolana è stata istituita nel 1865 quale Ufficio Locale Marittimo. Dal 1954 al 1957 è stata retta dal Capitano di Porto Vittorio Schioppa. Dal anno 1957 l'ufficio è stato elevato a Ufficio Circondariale Marittimo. Il motto del Comando è "AD VITAM TENACITER".