L'Ufficio Circondariale Marittimo di Pantelleria è stato istituito con Decreto del Presidente della Repubblica n. 14 del 07 gennaio 1998. L'elevazione al rango di Ufficio Circondariale Marittimo, da Ufficio Locale Marittimo, è stata effettuata in relazione ad una espressa richiesta promossa, sulla base degli interessi marittimi,  dal Ministero dei Trasporti e della Navigazione di concerto con il Ministero della Difesa, Ministero di Grazia e Giustizia e Ministero del Tesoro Bilancio e programmazione economica.