​Costruito nel 1843, su iniziativa del Ministro del Regno delle Due Sicilie Giovanni Cassisi, originario di Milazzo, e di altri suoi concittadini armatori, il porto di Milazzo è un porto di 2^ Categoria, 2^ Classe, giusto R.D. n. 550 del 20/06/1907.

Polo logistico importante nella Sicilia nord-orientale, oggi lo scalo mamertino è il maggiore porto d'imbarco per le Isole Eolie, nonché porto industriale di notevole interesse, essendo sede di un intenso e costante traffico di prodotti petroliferi grezzi e lavorati destinati/provenienti dalla locale Raffineria.

L'ambito portuale di Milazzo comprende, infatti, il porto commerciale (costituito dal Molo Foraneo, dal Molo Marullo, dalla Banchina Luigi Rizzo, dal Pontile Eolie e dalla Banchina XX Luglio), il porto industriale (ossia il complesso di pontili in concessione alla Raffineria di Milazzo) e la rada antistante.

Il Porto di Milazzo è sede della Capitaneria di Porto - Guardia Costiera, collocata in immobili risalenti alla seconda metà dell'Ottocento, originariamente destinati a magazzini portuali, ubicati presso il Molo Marullo. Qui vi risiede ormai da quando il 21 gennaio 1981, il Porto fu investito da una violenta mareggiata che si abbatté sull'intero litorale di levante ed in particolare sul Molo Foraneo, distruggendo il muro di protezione ed allagando la sede dell'allora Ufficio Circondariale Marittimo. Gli ingenti danni subiti dall'edificio che accoglieva il Circomare costrinsero il trasferimento della sede dell'Autorità Marittima negli storici magazzini.  

L'evento, che fortunatamente non portò alcun danno a persone, fece perdere tutto il copioso archivio dell'Autorità Marittima e molte tracce della sua storia documentale. Sono stati comunque rinvenuti alcuni atti risalenti alla fine dell'800 (il più antico è del 1891 e consiste in corrispondenza intercorsa con la Capitaneria di Porto di Messina), intestati  all'Ufficio di Porto di Milazzo e di cui, purtroppo, non appaiono leggibili le firme degli Ufficiali di Porto Comandanti. Gli atti più antichi rinvenuti riguardano essenzialmente la gestione del pubblico demanio marittimo e portuale.

Con D.P.R. del 5 ottobre 1994, n° 679, al fine di adeguare le strutture periferiche dell'Amministrazione marittima alle nuove esigenze portuali, l'Ufficio Circondariale Marittimo è stato elevato a Compartimento Marittimo.

Dalla Capitaneria di Porto di Milazzo dipendono, oggi, due Uffici Circondariali Marittimi (Lipari e Sant'Agata di Militello), due Uffici Locali Marittimi (Santo Stefano di Camastra e Capo d'Orlando, già Delegazioni di Spiaggia ed elevati a "Locamare" con D.P.R. del 5 ottobre 1994, n. 699) e le Delegazioni di Spiaggia di Patti e di Salina.

La competenza territoriale del Compartimento si estende lungo tutta la costa tirrenica messinese, dalla foce del torrente Gallo (Comune di Villafranca Tirrena) fino alla foce del torrente Pollina (Comune di Tusa), comprendendo le sette isole dell'Arcipelago Eoliano. In questo vasto territorio sono ricompresi 35 Comuni, di cui 31 ubicati sull'isola maggiore e 4 nelle isole Eolie.

Nello stesso territorio insiste la competenza di tre Procure della Repubblica presso Tribunale (Messina, Barcellona P. di G, Patti).

Nel 1999, il Ministro dei Trasporti e della Navigazione, ha esteso, con proprio Decreto, la circoscrizione territoriale dell'Autorità Portuale di Messina sul porto di Milazzo.

Nel 2008, sotto l'impulso della Capitaneria di Porto, è  stato costituito a Milazzo il Comitato Territoriale per il "Welfare" della Gente di Mare, finalizzato a tutelare i diritti fondamentali dei marittimi di qualsiasi nazionalità, ovunque si trovino.

Tra le curiosità, Milazzo è la città che diede i natali all'Ammiraglio Luigi Rizzo (8 ottobre 1887 – 27 giugno 1951), eroe per antonomasia della Marina Militare Italiana e della storia nazionale. Ogni anno, il 10 giugno in occasione della Giornata della Marina e il 2 novembre per la commemorazione dei defunti, il Comandante di MARISICILIA, l'Autorità Marittima e l'Amministrazione comunale rendono gli onori all'eroe milazzese con sentite celebrazioni partecipate dall'intera cittadinanza mamertina.

Tra il 9 ed il 27 giugno 2001, nel 50° anniversario della scomparsa dell'Ammiraglio Luigi Rizzo di Grado e di Premuda, si sono svolte a Milazzo manifestazioni e convegni in memoria dell'eroe, sotto l'Alto Patronato del Presidente della Repubblica e con il Patrocinio della Presidenza della Regione Siciliana. Nel corso delle celebrazioni, è stato inaugurato un nuovo monumento dedicato all'eroe, ubicato sulla banchina già a Lui intitolata, raffigurante il celebre MAS.