La Capitaneria di Porto di Messina è stata istituita nel 1862 e retta, prima della costituzione del Corpo, dal Capitano di Fregata LO MAGLIO Edoardo.

Dopo la fondazione del Corpo, si sono susseguiti alla reggenza vari Capitani di Porto, di I^ e II^ classe.

La sede è collocata all'interno di un palazzo ottocentesco ricostruito dopo il terremoto del 1908 e restaurato sia internamente che esternamente nel periodo 2007 2010, si trova in pieno centro storico lungo le principali arterie cittadine.

Dal 1 gennaio 2013 il Comando assume la nuova denominazione in "Capitaneria di Porto di Messina - Autorità Marittima dello Stretto" a seguito della fusione con l'Autorità Marittima per la Navigazione dello Stretto, soppressa in data 31.12.2012.

Tutta la struttura è costituita in tre plessi principali:

La sede storica ubicata sul Corso Garibaldi ove al primo piano si trova il Comando e gli uffici strettamente correlati (Segreterie, Logistica, Gestione Economica e AA.GG.), mentre al piano terra si trovano gli uffici Naviglio, Gente di Mare, Pesca, Demanio e Contenzioso.

La sede mare ubicata sulla via Vittorio Emanuele si affaccia proprio sull'imboccatura del Porto, in un sito sottoposto a vincolo della Soprintendenza.

In questa struttura si trovano gli uffici attinenti alle attività portuali, operativa, mezzi nautici e caserma.

Il terzo sito è Centro VTS in località "Forte Ogliastri", istituito e realizzato nel 1999, dal quale viene monitorato tutto il traffico navale dello Stretto di Messina.