L'origine storica dell'insediamento mazarese sembra risalire al periodo paleolitico (14.000 - 12.000 a.C.) quando alcuni gruppi di cacciatori occuparono i ripari naturali calcarenitici lungo il fiume Mazaro. La storia della pesca iniziò proprio lungo le sponde di questo fiume, ricco di pesci e navigabile per lungo tratto.

Nel IX secolo a.c. si hanno i primi contatti con i Fenici che, approfittando della strategica posizione geografica, trovarono un luogo ideale per effettuare soste durante i lunghi viaggi verso la Spagna. Inizialmente queste furono transitorie e solo successivamente essi fondarono un emporio con stabilimenti e depositi permanenti, come testimoniato dai vasi, vetri e monete di origine fenicia ritrovati tra la foce del Mazaro e Capo Feto

In epoca moderna, durante il dominio borbonico, le sponde del fiume Mazaro furono interessate da lavori di ammodernamento del porto canale ove sorsero i primi stabilimenti per la lavorazione del pesce e dell'uva.

Durante la seconda guerra mondiale, la città di Mazara del Vallo fu notevolmente danneggiata dai bombardamenti del 1943 . La crisi economica che ne derivò fu contrastata nel dopoguerra con lo sviluppo delle attività legate alla pesca che da pratica artigianale, nell'arco di un ventennio, si è evoluta a struttura industriale con una specializzazione professionale e produttiva e con una flotta peschereccia che è diventata tra le più grandi d'Italia.

Il porto di Mazara del Vallo espleta oggi funzioni commerciali (soprattutto esportazione di vino ed affini), approvvigionamento petrolifero per la presenza di un deposito di carburanti costiero, di scalo tecnico, ospitando diversi cantieri navali, ed infine scalo peschereccio, essendo la principale base di unità da pesca d'altura del Mediterraneo.