​La costituzione della Capitaneria di Porto di Catania risale al Regno delle Due Sicilie, quando era retta da un ufficiale della Marina Militare Borbonica.

Con Regio Decreto del 30 Giugno 1861 il neocostituito Regno d'Italia affida le funzioni di Comando, direzione dei servizi tecnici e di Polizia dei Porti al personale del Corpo dello Stato Maggiore dei Porti della Regia Marina Militare, la cui giurisdizione è compresa da Acireale a Capo Santa Panagia.

Il 20 Luglio 1865, con l'istituzione del Corpo delle Capitanerie di Porto, l'amministrazione e la gestione dei servizi portuali viene demandata ai funzionari civili del Corpo dipendenti dal Ministero della Marina.

Il Decreto Luogotenenziale del 3 Febbraio 1918 militarizzava il Corpo delle Capitanerie di Porto, affidandogli la difesa militare dei porto per tuttala durata del conflitto mondiale, diventando definitiva nel 1923 includendo il Corpo tra quelli della Regia Marina.

Nel 1942 viune istituita la Direzione Marittima di Catania i cui limiti territoriali sono compresi dalla foce del Fiume Pollina alla foce del Fiume Dirillo.

Il 16 aprile 1943, nel corso del secondo conflitto mondiale, un'incursione aerea distrugge l'edificio sede della Capiraneria di Porto, il quale viene ricostruito nel 1946 e da allora ospita gli uffici della Direzione Marittima.