L'Ufficio Circondariale Marittimo di Alghero è uno dei più antichi d'Italia.

Le sue origini possono essere fatte risalire, infatti, all'epoca preunitaria, dal momento che già nel 1804 esiste traccia di un carteggio, datato 25 giugno, con cui il Re di Sardegna concedeva le Regie patenti di "Capitano del porto della città di Alghero al Luogotenente dei Fucilieri del Reggimento di Sardegna Don Filiberto Belly".

Con la costituzione del Corpo delle Capitanerie di Porto, ad opera del Regio Decreto n. 2438 del 23 luglio 1865, al Circondario Marittimo di Alghero, dipendente dal Compartimento di La Maddalena, veniva assegnato un Ufficiale di porto di 3ª classe.

La costruzione dell'attuale sede dell'Ufficio Circondariale Marittimo, ove si trova il Comando del porto e i principali uffici amministrativi, nonché la sala operativa, ubicato in via Eleonora d'Arborea, è stata ultimata nel 1935, al fine di sostituire l'antica sede, ubicata presso la preesistente "casetta di sanità".

L'estensione territoriale del Circondario Marittimo di Alghero, da ultimo rivista con D.P.R. 24 marzo 2011, n. 83, comprende il tratto di costa tra Capo Falcone a nord e Punta Tangone a sud, compresa l'Area Marina Protetta di Capo Caccia – Isola Piana.

Alle dipendenze dell'Ufficio Circondariale Marittimo di Alghero è presente anche l'Ufficio Locale Marittimo di Porto Conte – Fertilia.